Основная деятельность учреждения направлена на экологическое просвещение населения.

В структуре Забайкальского ботанического сада находится 4 отдела: отдел дендрологии, отдел интродукции декоративных растений закрытого грунта, отдел садоустройства, отдел экологического просвещения и информации, отдел технического обслуживания коллекционного и экспозиционного фонда. 

Сотрудниками Забайкальского ботанического сада проводится работа по созданию экспозиций, разработке и проведению экскурсий с целью экологического просвещения населения. Первая экспозиция «Растения тропических и субтропических областей» была открыта для посетителей в мае 2005 года. В июле 2007 открыта экспозиция закрытого грунта – «Оранжерейные зимние сады», иллюстрирующая различные стили садового дизайна. К настоящему времени действуют ещё две экспозиции закрытого грунта: "Сад сезонов" и "Комнатные растения". Не меньший интерес посетителей вызывают экспозиции открытого грунта: "Сад непрерывного цветения", "Теневой сад", "Сад камней".