Главная задача больницы – оказание детскому населению первичной медико-санитарной помощи, специализированной, в том числе высокотехнологичной, скорой медицинской помощи, а также улучшение здоровья детского населения Иркутской области, насчитывающего более 600 тысяч человек.
ГБУЗ Иркутская государственная областная детская клиническая больница реализует мероприятия по анализу и оценке организации оказания медицинской помощи в регионе с выработкой рекомендаций медицинским организациям, подведомственным министерству здравоохранения Иркутской области.
Дополнительно действуют несколько уникальных для региона центров: первый в России Центр по лечению болезни Кавасаки, названный с разрешения семьи японского профессора Томиясу Кавасаки, Центр по лечению орфанных (редких генетических) заболеваний, Центр по лечению детей с эпилепсией. Для высокотехнологичной хирургической помощи создан Центр миниинвазивной и роботической хирургии. Онкологическую и гематологическую помощь детям также оказывают в единственном для региона отделении.
Больница сегодня - это уникальный для Иркутской области многопрофильный центр, осуществляющий свою деятельность в нескольких основных и нераздельно связанных между собой в медицине направлениях: научном (научно-организационном), образовательном и клиническом. Так же , учреждение является клинической базой медицинских вузов и шести учебных кафедр.