История Пулковской таможни неотрывно связана с развитием гражданской авиации в Петрограде – Ленинграде - Санкт-Петербурге.

С 8 сентября по 1 октября 1910 года на территории специально построенного аэродрома (ныне – Комендантский аэродром) прошел первый всероссийский праздник воздухоплавания.

7 июня 1928 года пограничной службой Советской России был оформлен первый международный воздушный рейс, совершенный по маршруту Ленинград - Кенигсберг - Берлин.

В феврале 1931 года началось строительство аэродрома между Пулковскими высотами и окружной железной дорогой. Для регулярных пассажирских перевозок аэропорт был открыт летом 1934 года.

В 1936 году началось возведение аэровокзала Пулково, однако начало войны остановило строительство и благоустройство главной воздушной гавани Ленинграда.

В мае 1945 года обслуживание международных авиарейсов возобновилось. Воздушные суда принимал аэродром Смольный (Ржевка). Оформление пассажиров и грузов производил один дежурный таможенный инспектор Ленинградской таможни.

К 1948 году восстановил работу аэропорт Шоссейный, где действовал таможенный пост Аэропорт Ленинградской таможни. В начале 1960-х здесь трудились 33 сотрудника.

В феврале 1973 года новый аэровокзал Пулково-1 принял первых пассажиров. Пропускная способность аэропорта составила 3 тысячи человек в час.

25 ноября 1974 года, согласно приказу Министерства внешней торговли № 485, таможенный пост Аэропорт Ленинградской таможни реорганизован в Пулковскую таможню. В ее функции входило оформление самолетов, членов экипажей воздушных судов, грузов, пассажиров, багажа, международной и дипломатической почты, перевозимых на международных рейсах.

Первым руководителем Пулковской таможни был Георгий Павлович Ожгихин. Под его руководством в таможне была сформирована эффективная организационная структура. Многие его начинания были подхвачены в других таможнях СССР.

Сегодня Пулковская таможня является одной из крупнейших авиационных таможен, входящих в структуру Федеральной таможенной службы Российской Федерации. На коллектив Пулковской таможни возложены задачи по совершению таможенных операций в отношении перемещаемого через таможенную границу стран Евразийского экономического сообщества (ЕАЭС) потока пассажиров, багажа, грузов и международных почтовых отправлений, а также воздушных судов.  Штатная численность таможни составляет 535 человек.

В состав таможни структурно входят Пулковский таможенный пост, таможенный пост Аэропорт Пулково и Почтовый таможенный пост.

Пулковский таможенный пост является таможенным постом фактического контроля и не обладает компетенцией по совершению таможенных операций, связанных с принятием деклараций на товары, подаваемых в электронной форме (за исключением случаев отсутствия у центров электронного декларирования соответствующей компетенции и технической реализации такой компетенции).

Таможенный пост Аэропорт Пулково обеспечивает совершение таможенных операций и проведение таможенного контроля в отношении пассажиров, членов экипажей воздушных судов и товаров в международном аэропорту Санкт-Петербург (Пулково).

Почтовый таможенный пост функционирует с 1 ноября 2011 года. Его основная задача -  обеспечение таможенного контроля в отношении товаров, пересылаемых в международных почтовых отправлениях. В настоящее время в месте международного почтового обмена (ММПО) «Санкт-Петербург Пулково АОПП» производится таможенный контроль и совершаются таможенные операции в отношении товаров, пересылаемых в МПО, поступающих воздушным и автомобильным транспортом.

С августа 2016 года в соответствии с рекомендациями ФТС России применяется временный порядок совершения таможенных операций, связанных с выпуском товаров, пересылаемых в МПО, с проставлением отметок должностными лицами Почтового таможенного поста в специализированном программном средстве ФГУП «Почта России».

Почтовый таможенный пост также принимает участие в реализации эксперимента по применению на основе документов Всемирного почтового союза упрощенного порядка таможенного оформления экспортируемых товаров, в отношении которых не требуется подтверждение фактического вывоза для целей возмещения налога на добавленную стоимость, пересылаемых в международных почтовых отправлениях.